เทศบาลเมืองท่าเรือพระแท่น เดิมมีฐานะเป็นสุขาภิบาลมีชื่อว่า “สุขาภิบาลท่าเรือ” ต่อมาได้รับการจัดตั้งให้เป็นเทศบาลตำบลท่าเรือพระแท่น เมื่อวันที่ 21 กันยายน 2528 โดยพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งเทศบาลตำบลท่าเรือพระแท่น จังหวัดกาญจนบุรี พ.ศ.2528 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับพิเศษ เล่ม 102 ตอนที่ 130 ลงวันที่ 20 กันยายน 2528 เดิมเทศบาลตำบลท่าเรือพระแท่น ยังไม่มีสำนักงานเทศบาลเป็นของตนเอง และได้ขอใช้อาคารของสมาคมส่งเสริมสวัสดิการสังคมเป็นสำนักงานเทศบาลชั่วคราว และได้กู้เงินทุนส่งเสริมกิจการเทศบาล (ก.ส.ท.) ส่วนหนึ่ง และจ่ายขาดเงินสะสมของเทศบาลจำนวนหนึ่งสมทบด้วย
ทางด้านบริหาร เมื่อยกฐานะเป็นเทศบาลแล้ว ได้แต่งตั้งคณะเทศมนตรีชั่วคราวขึ้น ประกอบด้วย นายสมพันธ์ บุศราทิจ นายอำเภอท่ามะกา เป็นนายกเทศมนตรี ร.อ.ปิติ มากไมตรี ปลัดอำเภอ เป็นเทศมนตรี พ.ต.ท.ประวัติ  เสมดี สวญ.อ.ท่ามะกา เป็นเทศมนตรี ส่วนเจ้าหน้าที่กรมปกครองได้แต่งตั้ง นายเสรี  ทองเทศ มาดำรงตำแหน่งปลัดเทศบาล พร้อมด้วยเจ้าหน้าที่ฝ่ายต่าง ๆ มาประจำปฎิบัติงาน รวม 26 คน
ต่อมากระทรวงมหาดไทย ได้สั่งการให้มีการเลือกตั้งสมาชิกสภาเทศบาลครั้งแรกขึ้น และจังหวัดกาญจนบุรี ได้ประกาศ ส.ท.8 กำหนดวันเลือกตั้ง คือ วันที่ 5 มกราคม 2529 และรับสมัคร วันที่ 15-29 พฤศจิกายน 2528 จากการเลือกตั้งครั้งแรก จึงได้คณะผู้บริหารเทศบาลชุดแรก ซึ่งมี นายยงยุทธ  ตันพิริยะกุล เป็นนายกเทศมนตรี นายประชา โพธิพิพิธ และนายวิทย์  กิตติโชติทรัพย์ เป็นเทศมนตรี นายมนัส  โพธิพิพิธ  เป็นประธานสภาเทศบาล นายพินิจ  ปัณฑะโชติ เป็นรองประธานสภาเทศบาล  และสมาชิกสภาเทศบาล มีดังนี้คือ นายสุรัตน์  เลาหะพิสิฎฐ์พาณิชย์  นายบุญจันทร์  โสดา  นายชัยโย  รักษ์ธรรม นายประสงค์  อินทสิทธิ์   นายเล็ก  โพธิ์สุวรรณ  นายสมบูรณ์  พูนศักดิ์ไพศาล  และนายฟุ้ง  ชูบุญ
จนกระทั่งเมื่อวันที่ 22 กันยายน 2547 กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศ การเปลี่ยนแปลงฐานะจาก “เทศบาลตำบลท่าเรือพระแท่น” เป็น “เทศบาลเมืองท่าเรือพระแท่น” โดยตั้งอยู่ในเขต อำเภอท่ามะกา จังหวัดกาญจนบุรี ซึ่งมีเนื้อที่ ทั้งหมด 7.26 ตารางกิโลเมตร โดยมีพื้นที่คลอบคลุม  2 ตำบล คือตำบลท่าเรือ และตำบลตะคร้ำเอนบางส่วน

เมื่อได้ยกฐานะเป็นเทศบาลตำบลท่าเรือพระแท่นแล้ว เทศบาลยังไม่มีสำนักงาน จึงใช้อาคารสมาคมส่งเสริมสวัสดิการสังคมท่าเรือเป็นการชั่วคราว

ต่อมาได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารสำนักงานเทศบาลตำบลท่าเรือพระแท่นขึ้น โดยกู้เงินทุนส่งเสริมกิจการเทศบาล (ก.ส.ท.) ส่วนหนึ่ง และจ่ายขาดเงินสะสมของเทศบาลสมทบเป็นเงินงบประมาณ 14,610,000 บาท โดยมี นายพิศาล  มูลศาสตรสาทร ปลัดกระทรวงมหาดไทย วางศิลาฤกษ์ และมีพิธีเปิดอาคารโดยสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช

จนกระทั่งเมื่อวันที่ 22 กันยายน 2547 กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศ การเปลี่ยนแปลงฐานะจาก “เทศบาลตำบลท่าเรือพระแท่น” เป็น “เทศบาลเมืองท่าเรือพระแท่น” โดยตั้งอยู่ในเขต อำเภอท่ามะกา จังหวัดกาญจนบุรี ซึ่งมีเนื้อที่ ทั้งหมด 7.26 ตารางกิโลเมตร โดยมีพื้นที่คลอบคลุม  2 ตำบล คือตำบลท่าเรือ และตำบลตะคร้ำเอนบางส่วน